Pierre Magistretti est né le 30 septembre 1952. Après une maturité classique, il entame des études de médecine à l’Université de Genève et passe le diplôme fédéral de médecine en 1977. De 1979 à 1982 il travaille avec le Professeur Floyd Bloom au Salk Institute for Biological Studies à San Diego et obtient le titre de Doctor of Philosophy (PhD) en biologie (mention neurobiologie) de la University of California at San Diego (UCSD).

De retour à Genève au Département de pharmacologie, Pierre Magistretti poursuit ses recherches sur le rôle des neurotransmetteurs. En 1988, il est nommé professeur ordinaire à la Faculté de médecine de Lausanne dont il reprend l’une des chaires de physiologie et devient l’un des plus jeunes professeurs ordinaires nommés dans une faculté de médecine suisse.
La portée de ses travaux de laboratoire a largement dépassé le domaine des neurosciences expérimentales, ils sont particulièrement reconnus dans le domaine de l’imagerie fonctionnelle cérébrale. Pierre Magistretti s’est fortement impliqué dans le développement des neurosciences en Suisse. Il a été à l’origine de la création du Département interfacultaire de neurosciences de l’Université de Lausanne, dont il a été le premier président, et de la Société Suisse de Neurosciences dont il a été le premier président élu. Il est membre de nombreux comités scientifiques d’institutions nationales et internationales ; il a été élu à la vice-présidence du Council of Scientists de Human Frontier Science Project Organization.

En 1997, ses travaux ont été récompensés par la remise du Prix Théodore Ott de l’Académie Suisse des Sciences Médicales, un prix attribué tous les 5 ans. Pierre Magistretti dirige le Pôle de recherche national SYNAPSY du Fonds National Suisse de la Recherche Scientifique, il est directeur du Brain Mind Institute à l’EPFL.