Né à Genève le 12 août 1946, Jean-Dominique Vassalli a obtenu son diplôme fédéral de médecin à l’Université de Genève en 1972, son doctorat ès sciences (PhD) à la Rockefeller University en 1977 puis son doctorat en médecine à l’Université de Genève en 1984.

En 1991, il est nommé vice-doyen de la Faculté de médecine, charge qu’il assume jusqu’en 1999. Il est alors nommé vice-recteur de l’Université de Genève. Il occupera cette fonction jusqu’en 2003. Il a notamment été en charge des dossiers relatifs à la collaboration Vaud-Genève et à la valorisation des découvertes scientifiques.

De 2004 à juillet 2007, il a présidé la Section de médecine fondamentale de la Faculté de médecine.
Jean-Dominique Vassalli est le président de la Fondation Dialogue des savoirs, qui a pour but de mettre sur pied et organiser une interface scientifique de niveau mondial dont l’objectif est le rapprochement entre les sciences naturelles et les sciences humaines.